La Plateforme Transcriptome de Rennes fait partie de l'axe Génomique de Biogenouest®. Elle est référencée, au niveau national, par le GIS-IBiSA "Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie". Ses missions principales sont le service aux utilisateurs, la diffusion des connaissances et l’innovation scientifique. Ces activités s'exercent en lien avec la recherche (UMR 6061 - Centre National de la Recherche Scientifique/Université de Rennes 1, équipe Régulation Transcriptionnelle et Oncogenèse) et avec le secteur hospitalier (Centre Hospitalier Universitaire de Rennes, Unité Fonctionnelle de Génomique Médicale). Ces deux structures hospitalo-universitaires ayant en charge le fonctionnement de cette plateforme.

La plateforme développe et propose des protocoles, des méthodes et des outils cohérents en génomique fonctionnelle et intégrative (approche haut débit / approche dédiée) :
  • Transcriptome
    • Organisation du plan expérimental (design)
    • Puces pangénomiques (Agilent, Illumina) pour l’étude de l’expression des ARNm et des microARN
    • PCRq (Applied Biosystems - SybrGreen et Taqman)

  • Génome (variation du nombre de copies de gènes et/ou génotypage)
  • Méthylome
  • Analyse statistique et bioinformatique des données issues de puces
    • Calibration, normalisation, analyse différentielle, classification
    • Contextualisation biologique et annotation fonctionnelle
    • Génomique intégrative (recherche des corrélations entre les différents niveaux moléculaires)

Le personnel de la plateforme assure également la formation sur les équipements en libre-service (Nanodrop, BioAnalyseur, Scanner, PCRq et Pyroséquenceur) ainsi que sur les différents logiciels d’analyse (GeneSpring GX, Nexus, Ingenuity Pathways Analysis, TM4, R/Bioconductor). Le plateau rennais s'est également engagé dans une démarche Qualité ayant pour objectif l'obtention d'une certification ISO 9001:2000.